1981-86 yıllarında St. Jean Kilisesi Batı Sur Girişi ile İsabey Camii kuzey kapısı arasındaki bağlantıyı bulmak üzere kazılar yapılmıştır. 1982 yılında taş döşeli bir yol bulunmuş ve çalışmalar ilerledikçe Osmanlı Dönemi’ne ait yolun, Bizans Dönemi’ne ait bazı duvarlar ve odalar üzerine yapıldığı görülmüştür.
1985 yılında odaların kazısına başlanmıştır. Kuzeyde birbirine bağlı iki oda kazılmış ve bunların tabanlarının büyük boyutlu tuğlalarla kaplı olduğu görülmüştür.
Ayrıca bu odaların batısında bir hol ve güney kısımda ise üç nefli 21.00 x 13.00 m. boyutlarında bir Manastır Bazilikası bulunmuştur. Doğuda büyük bir apsisi olan bazilikanın planı, M.S. 4. - 5. yüzyıl bazilikalarını hatırlatmaktadır.
Bazilikanın güney kısmında manastırın iki odası daha vardır. Ancak manastırın kuzeydeki diğer odaları henüz kazılmamıştır.
St. Jean Manastırı -(Selçuk) Fotoğraf Galerisi