Efes Müzesi ilk olarak 1929 yılında Selçuk’ta bir depo oluşturulmuş, kazılarda bulunan ve çevreden toplanan eserler buraya getirilmiştir. 1964 yılında bugünkü müzenin güneyindeki bölümün inşası tamamlanmış ve eserler sergilenmeye başlanmıştır.
Birkaç salondan oluşan müze, her yıl kazılar sırasında ortaya çıkarılan eserler için yeterli gelmediğinden 1976 yılında müzenin güney bölümü inşa edilmiş, sergi alanları genişletilmiştir. Selçuk-Efes Müzesi sahip olduğu ve sergilediği yalnızca yerel eserlerle Avrupa’nın en önemli ve en zengin müzesi durumundadır. Sergilenen ve depolarda sergilenmeyi bekleyen 57.530 bin üzerinde eser olduğu Kültür Bakanlığınca bildirilmiştir.
Tüm sene boyunca açık tutulan müzede, çoğunluğu Efes kazılarında, bir kısmı da Klaros gibi yakın çevrede ortaya çıkarılmış eserler sergilenmektedir. Efes Müzesi, içerdiği eserler, ziyaretçi kapasitesi ve kültürel etkinlikleri ile Türkiye’nin en önemli yerel müzesidir.