Fettah Mahallesinde bulunan yapı 59 pafta, 378 ada, 2 parselde bulunmaktadır. Nispeten düz bir arazide inşa edilmiş yapının iki evrede inşa edildiği plan şemasına bakılınca da rahatça anlaşılmaktadır . İlk yapının büyük kubbe ile örtülü olan kare birimden ibaret olduğu, daha sonra bulunduğu parselin muhtemelen sokak ile ilişkisinden hareketle batı yönünde kuzeye doğru kıvrılarak genişletildiği görülmektedir.
Hatuniye Camiinin ana girişinin sağına yerleştirilen bilgi panosunda yapının Taşzade Hatun Camii Şerifi vakfına ait olduğu, Yusuf Çavuşzade Ahmet Ağa’nın annesi Tayyibe Hatun tarafından 17. yüzyılda yaptırıldığı belirtilmektedir. Güney cephede büyük bir mermer üzerine kaydedilen yapı ile ilgili bilgilerden “Hatuniye Camiinin banisi Tayyibe Hatun’un Başdurak Camii banisi Hüseyin Efendi’nin hanımı olduğu, Hüseyin Efendiye bir eşkıyanın musallat olduğu, Hüseyin Efendinin durumu eşine anlattığı, eşinin de sen cami yaptırıyorsun (muhtemelen Başdurak Camii) Allah sana yardım eder dediği, günlerce dua ettikleri, bir gün eşkıyanın ölüm haberini duyan Hüseyin Efendinin eşine altın ve ziynet alarak hediye ettiği, Tayyibe Hatunun da eşinden bu altınlarla kendisi için Tilkilik’te bir cami yaptırmasını istediği” öğrenilmektedir. Söz konusu mermer levhada 1625 yılı verilmiştir.
Yapı ile ilgili bir başka belge 1972 tarihli Vakıflar Genel Müdürlüğünün eski eser fişidir. Belgede, yapının, vakfiyesine göre H. 1056 / M. 1640 yılında inşa edildiği bilgisi verilmektedir. Banisi ise Tayyibe Hatun olarak kaydedilmiştir.
Ayrıca yine söz konusu belgede, yapının muhdes bölümlerle ve müteaddit onarımlarla orijinalliğinin kısmen bozulduğu ifade edilmektedir. Orijinal yapının büyük kubbeli birim olduğu, muhdes bölümün küçük kubbeli birim ile çapraz tonozlu birimler olduğu ifade edilmektedir.
19. yüzyılda camide büyük bir onarım yapıldığı, ilave birimlerin de muhtemelen bu dönemde inşa edildiği belirtilmektedir. Minarenin ise 18. yüzyıl mimari karakterine sahip olduğu vurgulanmaktadır. Eski eser fişinde dikkat çeken bir başka bilgi, iç mekandaki fayans kaplamaların fişin doldurulduğu tarihten yaklaşık 10 yıl önce yapıldığı, bunun da 1960’lı yıllara ait bir müdahale olduğu öğrenilmektedir .
1972 tarihli eski eser fişinde verilen bilgilerin doğru olabileceği düşünülmektedir. Evliya Çelebi, Başdurak yani diğer adı ile Hacı Hüseyin Camii ile ilgili bilgiler vermektedir. Buna göre cami Hacı Hüseyin tarafından H. 1062 /M. 1652 tarihinde yaptırılmıştır .
Hatuniye Camii hakkında ise “Hatuniyye Camii hâlâ Ahmed Ağanın validesi bina etmişdir Evkafı firavan kiremit ile mestur bir camii mamurdur” bilgisini nakletmektedir .
Caminin güneyinde bulunan mermer yazıttaki bilgilerden yapıyı yaptıran Tayyibe Hatun’un Hacı Hüseyin’in eşi ve Çelebinin zikrettiği Ahmed Ağanın validesi olduğu, bu noktadan hareketle de Hatuniye Camii’nin en azından Başdurak Camii ile çağdaş olduğu söylenebilir. Yani Hatuniye Camii’ni 17. yüzyıl ortalarına tarihlendirmek mümkündür.
Mermer kitabede verilen 1625 yılının zayıf da olsa doğru olma olasılığı bulunmaktadır. Eski eser fişinde M. 1640 tarihli vakfiye bilgisi ise yapının inşa tarihini tahmin etmeyi güçleştirmektedir. Sonuç olarak Mimari özelliklerinden hareketle İzmir’deki en erken camilerden biri olma olasılığı yüksek olan Hatuniye Camii, ilave ve tadilatlara rağmen İzmir’in Osmanlı dönemine ait en önemli dini yapılarından biridir.