Güney Deniz Saha Komutanlığı ve kurumumuz arasında gerçekleştirilen protokolle ilk olarak TCG EGE Fırkateyni ile TCG PİRİREİS Denizaltısı 1 Temmuz 2007'de; kabotaj bayramının 81. yıldönümünde İnciraltı İskelesinde ziyarete açıldı.
İzmir Müze Gemiler Müdürlüğü'nün aktif görevlerini tamamladıktan sonra hizmet dışına ayrılmış "1'inci Sınıf Askeri Müze" niteliğinde hizmet vermeye başlayan bu gemilerle; Türk denizcilik tarihinin ve kültürünün aşılanması hedeflenirken; gemilerde Türk Deniz Kuvvetlerinin teknik gelişimi; donanmanın yüzer, dalar ve uçar unsurlarındaki yaşam alanlarında hayat idameleri, manken, maket, şilt ve pano gibi obje ve görsellerle savaş ve barış şartlarındaki faaliyetleri aktarılıyor.
Yine İzmir Tersanesi Komutanlığı'nca TC EGE, bazı bölümlerinde sergi ve konferans salonları için uygun alanlar oluşturulup, bazı bölümleri de orijinal haliyle korunarak; TCG PİRİREİS Denizaltısı'nda ise ziyaret kolaylığı için iskeleler ve bazı bölümlerinde yenileme çalışmaları gerçekleştirilerek, büyük bölümü de korunarak aslına uygun müze için hazırlandı. Hizmete açılır açılmaz yoğun ilgi ile karşılaşan Ege Bölgesi'nin ilk müze gemileri bugüne değin 800 binden fazla ziyaretçi ile İzmir'de görülmesi gereken yerler arasına girdi. Ziyaretçilerin bu ilgisi "Ege Müzesi" olarak yeni müze gemilerini de ziyarete açtırdı.
EGE Müzesi'nde, 22 Mayıs 2014 yine hizmet dışına ayrılan AB 212 sınıfı, TCB 36 kuyruk numaralı helikopter platformda sergilemeye başladı. TCG KASIRGA Hücumbotu, gemi yaşamı ve yaşam alanları mankenlerle desteklenerek müze olarak hazırlandı ve 30 Haziran 2014'te müzede yerini aldı, 16 Mart 2015'te ise İzmir Valisi, Ege Ordusu Komutanı, Güney Deniz Saha Komutanı, İzmir Büyükşehir Belediyesi Başkanı ve çok sayıda davetlinin katılımıyla hizmete sunuldu.
İzmir Müze Gemileri, İnciraltı'ndaki iskelesinde yazları pazartesileri harç 17.30; kış döneminde ise 17.00'ye kadar ziyaret edilebiliyor.