Baş tanrıça Athena’nın tahtadan heykelinin yer aldığı, İon dünyasının en eski tapınağı, bugünkü lisenin bahçesinde, körfeze ve kente hakim kayalık düzlükte yer alıyordu. Bu kayalık alanda aynı zamanda Anadolu’nun ana tanrıçası olan Kybele’de saygı görüyordu.
Kutsal alanın yaslandığı kayalık üzerindeki sur duvarları, duvarların 4 ayrı dönemini göstermektedir. Bunlar arkaik surlar harçsız, Roma dönemi surlarında kireç harcı Ceneviz ve Osmanlı dönemi surlarında ise kireç harcı, kum, tuğla parçası ve kiremit tozlarından oluşan Horasan harcı kullanılmıştır. Yukarıda, eski ortaokul binasının altında Athena Tapınağı bulunmaktadır. Her ikisi de tanrıçadır. Athena, Babilli kraliçe İzdar’a kadar gider. Kybele ise Anadolu’nun tanrıçasıdır. Her iki tanrıçanın altlı, üstlü bulunması da önemli bir olaydır. Kybele arkaik dönemden itibaren Phokaia’da çok saygı görmüştür. Yel değirmenli tepe ile İncir adasında da Tanrıça Kybele’ye ait kutsal alanlar mevcuttur.
1993 kazıları sırasında ortaya konulan Kybele açık hava tapınağı bunu gösterir. 1952-1970 yılları arasında aralıklı olarak Ord. Prof. Dr. Ekrem AKURGAL tarafından yapılan kazılar , 1998 yılından itibaren JTI (Japan Tobacco International) Türkiye’nin desteğiyle yeniden ele alındı. Tapınağın bir podium üzerine oturduğu anlaşıldı. Kazılar halen devam etmektedir.